В WaterMod было недоделано это, но я написал в теме как это допилить, кто-то вроде потом сделал скриптовый вариант, возможно он тебе больше подойдет, можешь сам посмотреть код и переписать под себя.
Как вариант, можешь менять уровень воды при приближении к озеру, если нет видимости других озер, которые испортятся.
Насколько мне помнится water.dat бесполезный файл, а waterpro.dat удалять не стоит, это периодически вызывает некоторые ошибки.
P.S. Вообще стоит переписать функцию, где рендерится вода и может правда сделать разную высоту секторов. Написать программку типа water editor, где разным цветом настроить высоту участков.